Mikroskopet er en af menneskehedens største opfindelser. Før dens opfindelse var menneskelige ideer om verden omkring dem begrænset til at bruge det blotte øje eller at holde linser for at hjælpe med at se med det blotte øje.
Mikroskoper har åbnet en helt ny verden inden for menneskets syn, idet de for første gang ser den indre funktion af hundredvis af "nye" små dyr og planter, fra menneskekroppe til plantefibre. Mikroskopi hjælper også forskere med at opdage nye arter og hjælper læger med at behandle sygdomme.
De første mikroskoper blev lavet i Holland i slutningen af det 16. århundrede. Opfinderne var Yas Jensen, en hollandsk optiker eller en anden hollandsk videnskabsmand, Hans Lipsch, som lavede simple mikroskoper med to linser, men som ikke lavede nogle vigtige observationer med disse instrumenter.
To personer begyndte senere at bruge mikroskoper i videnskaben. Den første var den italienske videnskabsmand Galileo Galilei. Han beskrev først et insekt gennem et mikroskop efter dets sammensatte øjne. Den anden var den hollandske linnedhandler Leeuwenhoek (1632-1723), som selv lærte at slibe linser. For første gang beskrev han mange små planter og dyr, der var usynlige for det blotte øje.
I 1931 revolutionerede Ernst Ruska biologien ved at udvikle et elektronmikroskop. Dette gør det muligt for forskere at observere objekter så små som milliontedele af en millimeter. I 1986 blev han tildelt Nobelprisen.